Let op: Dit artikel bevat SPOILERS over het einde van The Matrix Resurrections.
Neo blijkt er inderdaad in geslaagd te zijn vrede te bewerkstelligen tussen mens en machine. Sommige machines breken los van hun wereld en gaan samenwerken met de mensheid. Er zijn ook mensen die besluiten te werken met de machines, waar sommige anderen besluiten dat juist niet te doen. Er komt een nieuwe nederzetting, Io, die gerund wordt door Niobe en een nieuwe generatie hackers, die erachter komt dat Neo niet dood is.
Hoe dan?
Na de oorlog maakten de machines een programma dat 'The Analyst' heet, en gebruik maakt van de technologie om de dode lichamen van Neo en Trinity te repareren en hun geest weer terug te halen. Het paar wordt uitgebreid bestudeerd en de Analyst merkt dat de twee verbonden zijn door liefde en daarom kunnen ontkomen aan de Matrix. Individueel zijn ze juist helemaal niet bijzonder.
Daarom worden Neo en Trinity in de nieuwe moderne versie van de Matrix opgesloten, waarin mensen gelukkig zijn en het helemaal niet zo erg vinden om in die fantasiewereld te leven. Door Neo en Trinity vlakbij elkaar te houden zonder een band op te bouwen, bereikte de Analyst een stabielere en effectievere Matrix dan ooit tevoren.
Neo zit vast in een metahel als ontwerper van de gamereeks The Matrix en Trinity is gereduceerd tot vrouw en huismoeder Tiffany die in haar vrije tijd aan motors sleutelt.
En dan?
In The Matrix Resurrections ontstaat een digitale versie van Morpheus (gemaakt door Thomas Anderson om zijn herontwaking te bewerkstelligen). De hackers van Io vinden hem, die vervolgens helpt Neo weer te laten ontwaken. Na een strijd tegen Agent Smith en zijn dodelijke bende, ontdekt Neo zijn werkelijke missie, namelijk Trinity redden.
In de climax neemt Neo het met de hackers op tegen de Analyst, die voorstelt: als Neo erin slaagt Trinity ervan te overtuigen de Matrix te verlaten, zal hij hen vrij laten. Anders moet Neo weer slapen in de Matrix. Liefde overwint en de twee verslaan de Analyst. Aan het einde springt het duo van een wolkenkrabber en blijkt dat Trinity ook de krachten van 'The One' heeft, door samen met Neo weg te vliegen.