De filmopnames van Iron Man 3 verliepen niet heel soepel. In het recent verschenen boek The Story of Marvel Studios: The Making of the Marvel Cinematic Universe geeft producent Stephen Broussard aan dat dit de film juist geholpen heeft.

Op een gegeven moment moesten de opnames tijdelijk stil worden gelegd, vanwege een enkelblessure van acteur Robert Downey Jr. Deze tijd is uiteindelijk gebruikt om het script te finetunen.

Rond diezelfde tijd ging Digital Domain, het special effects-bedrijf dat verantwoordelijk was voor de scene met de vele Iron Man-pakken in het slotstuk van de film failliet. Special effects-bedrijf Weta Digital heeft de effecten voor de bewuste scene uiteindelijk voltooid.

Terugkeer naar de set
Ook zonder de blessure van Robert Downey Jr. had Iron Man 3 dus mogelijk uitgesteld moeten worden, omdat de special effects dan niet op tijd voltooid waren. Bovendien is er in die tijd nog veel aangepast aan het script, met name voor de derde akte van de film, aldus regisseur Shane Black in hetzelfde boek.

Iron Man 3 werd uiteindelijk één van de eerste solofilms binnen het MCU die meer dan een miljard dollar wist op te halen, dus spijt van het uitstel zal men niet hebben gehad.