Een van de belangrijkste vragen over het verhaal, is de manier waarop Neo terug tot leven is gekomen, en wat de machines hopen te kunnen halen door hem weer terug te brengen.
Hij leek dood
Tot de aankondiging van Keanu Reeves' terugkeer in de rol van Neo, werd geloofd dat het personage om het leven was gekomen in de film The Matrix Revolutions. Aan het einde van die film liet Neo zichzelf corrumperen door Agent Smith, waardoor de Matrix zichzelf kon resetten.
Het lichaam van Neo bleef dood achter in Machine City, en het laatste beeld dat we van hem zagen, was hoe zijn lichaam omringd werd door kleinere machines.
De aanname was dat de machines Neo's lichaam zouden verwerken, zoals met alle mensen gedaan werd. Maar de trailer laat zien dat het lichaam van Neo mogelijk bewaard is gebleven.
We zien namelijk dat Neo wederom omringd wordt door machines die allerlei leidingen en andere zaken in zijn torso pluggen. Zo kan hij de Matrix in en weer dienen als een krachtbron. Zijn ogen zijn nog altijd verblind, wat gebeurde nadat een mens in de echte wereld (bezeten door Smith) hem aanviel.
Dat bewijst dat de scène uit de trailer zich afspeelt na de dood van Neo in Revolutions. De scène lijkt daarmee te laten zien dat hij nog leeft doordat de machines dat wilden. En dat ze hem dus ook hebben kunnen redden. Daarmee zijn er meer mysteries om op te lossen de komende tijd.