Inmiddels hebben de fans geaccepteerd dat de reeks qua continuïteit nogal wat te wensen overlaat (zo worden personages amper ouder of kloppen sommige details vaak niet) en de film van Josh Boone slaagt erin om het voor een laatste keer nog eens helemaal overhoop te gooien.
Hoewel The New Mutants een op zichzelf staand verhaal is, roept een clip uit Logan (2017) vragen op wanneer dit verhaal zich nou eigenlijk afspeelt? Tijdens de behandeling ervaart Moonstar (Blu Hunt) een visioen van een andere faciliteit die beheerd wordt door Essex Corp. en waar onder andere Laura/X-23 (Dafne Keen) werd gemaakt. Vervolgens worden er beelden uit Logan getoond van experimenten met jonge mutanten, wat dus zou betekenen dat beide films tegelijkertijd plaatsvinden.
Het maakt allemaal weinig meer uit
Echter speelt Logan zich af in 2029 en The New Mutants in de huidige tijd, aangezien een discussie tussen de tienermutanten bevestigt dat de X-Men gewoon nog actief bestaan. Daarnaast heeft Moonstar niet de kracht om in de toekomst te kijken, want ze haalt dit uit het brein van Dr. Reyes (Alice Braga). Alleen hoe komt die aan een visioen van 10 jaar later?
Waarschijnlijk waren deze connecties uitgelegd in de vervolgdelen (het moest uiteraard een trilogie worden), maar nu is het enkel de zoveelste verwarrende plot'bom' in wat FT-recensent Thierry Verhoeven al noemde "de laatste stuiptrekking van de oorspronkelijke franchise".