Dooku's vertrek uit de Jedi Order leidde tot zijn uiteindelijke corruptie door Darth Sidious. Dooku werd zijn leerling na de dood van Darth Maul. Maar Dooku's status als Sith Lord werd pas bekend aan het begin van de Clone Wars. Veel missies die Dooku voor die tijd uitvoerde waren in geheim uitgevoerd, terwijl de Jedi dachten dat Dooku simpelweg als edelman leefde op thuiswereld Serenno.
Gruwelijk verraad
In Star Wars: Age of Republic: Count Dooku #1 van schrijver Jody Houser en artist Luke Ross, zien we hoe Dooku de industriële planeet Sullust bezoekt. Hij doet alsof hij daar is voor zaken voor zijn thuiswereld, maar in werkelijkheid is hij er om een alliantie te scheppen die Palpatine's plannen richting een galactische burgeroorlog een stap verder brengt.
De onderhandelingen worden moeilijk als de recent tot ridder geslagen Jedi Jak'zin arriveert. hij was padawan toen Dooku nog een meester was en werd geïnspireerd door Dooku's indrukwekkende vaardigheden.
Dooku deed alsof hij samen wilde werken met de Jedi, maar gebruikte hem om tot een schuilplaats van criminelen te komen. In die context redde hij de jonge Jedi Knight zelfs en hield hij hem in leven tot 't laatste moment. Toen onthulde Dooku zijn nieuwe lichtzwaard met de rode kleur, het rode lemmet, van een Sith.
Daarbij gebruikte Dooku de Force op een blaster bolt direct in de rug van de Jedi te leiden, waarna Dooku de alliantie regelde die Palpatine nastreefde. Een pijnlijk en gruwelijk verraad door Dooku.