Yoda botste vrij hard met Palpatine en dat leverde een gaaf gevecht op. Yoda en Palpatine leken lange tijd aan elkaar gewaagd, waarbij lichtzwaarden botsten, er Force Lightning gebruikt werd en podia door de lucht vlogen. Tot Palpatine het voordeel kreeg en Yoda van grote hoogte omlaag viel. In plaats van door te vechten, trok Yoda zich terug.
Waarom dan?
De keuze viel een beetje tegen, vooral omdat Yoda het duel misschien wel zou hebben kunnen winnen. De Jedi had maar één kans en liet die gaan. Hij ging daarna in ballingschap en trainde uiteindelijk Luke Skywalker als grote nieuwe hoop voor het universum. Maar Yoda gaf om een simpele reden op.
De boekversie van Revenge of the Sith werd door Matthew Stover gegeven en biedt inzicht in de denkwereld van Yoda. Hij begreep op dat moment dat hij niet alleen als individu gefaald had, maar de Jedi als geheel ook. De Sith waren gegroeid, hadden geleerd. En de Jedi hielden juist naarstig vast aan hun oude denkbeelden.
"Eindelijk zag uit de waarheid. Deze waarheid: dat hij, de avatar van het licht, de Supreme Master van de Jedi Order, de meest felle, meest onverbiddelijke en meest machtige tegenstander die het duister ooit gekend had... het gewoon niet in zich had. Hij had het nooit gehad. Hij had verloren voordat hij begonnen was... zelfs voordat hij geboren werd. De Sith waren gegroeid, hadden zich aangepast en duizend jaar intensief elk aspect van de Force en de Jedi leren begrijpen, zich voorbereidend op precies deze dag. De Sith hadden zichzelf opnieuw uitgevonden. Ze waren iets nieuws geworden. Maar de Jedi hadden het millennium doorgebracht, de laatste oorlog opnieuw uitvechtend. De nieuwe Sith konden niet vernietigd worden met een lichtzwaard, niet weggebrand worden door welke fakkel van de Force dan ook."
De Sith hadden het spel voor de lange termijn gespeeld en op die manier gewonnen. De Jedi die er nog waren, moesten hergroeperen en leren anders te zijn, precies zoals de Sith dat hadden gedaan. De oude dagen waarin ze het sterrenstelsel hielpen waren voorbij, en dat begreep Yoda nu eindelijk.