Daarvoor was hij echter ook al een soort van 'aan boord', want voor deel 4 Ghost Protocol voerde hij een aantal belangrijke scriptwijzigingen door, iets waarvoor hij overigens geen credit ontving, maar dus wel iets anders.
Aan het eind van de vierde film schiet Benji (Simon Pegg) de slechterik dood die met William Brandt (Jeremy Renner) in gevecht is. Oorspronkelijk zou Brandt dit zelf doen, maar aangezien van hem al eerder duidelijk werd dat hij een bad-ass was, veranderde McQuarrie dat brutaal.
Vader & Zoon
'Ik vond dit een idee te veel en wist dat er iemand van de productie dol was op vader/zoon verhalen. Daarom koos ik voor Benji in zijn relatie tot Ethan [Hunt]. Ik heb het gepitcht als een evolutie van het personage, dat Benji als het ware opgroeit door zijn eerste moord te plegen".
De studio was meteen verkocht, plaatste het in de eindmontage en zag dat McQuarrie verstand had van karakterontwikkeling. Omdat de reeks net weer terug was gebracht naar de basis met het teamgevoel, kreeg hij de regierol aangeboden. De rest weten we en is pure geschiedenis.
Hieronder het betreffende actiefragment (ongeveer te zien vanaf 1:28)