Met nog maar negen weken te gaan voordat de opnames voor de derde X-Men film zouden beginnen, heeft regisseur Matthew Vaughn besloten uit het project te stappen. Vaughn produceerde eerder Guy Ritchies Lock, Stock and Two Smoking Barrels en Snatch, en maakte in 2004 zijn regiedebuut met Layer Cake.

De Engelsman liet in een verklaring weten dat hij van plan was om aanvankelijk heen en weer te reizen tussen zijn huis in Londen en de opnamelocaties in Vancouver. Gaandeweg het project zou hij echter voor minstens een jaar naar de Verenigde Staten moeten verhuizen, iets dat hij zijn vrouw (Claudia Schiffer) en twee kinderen niet aan wilde doen.

Marvels Avi Arad:

[eng]”This is not a case of creative differences. This is a personal decision by Matthew, and I can tell you that he is heartbroken. He loved this material, and he wanted to make this film.”[/eng]
Vaughn is overigens al de tweede regisseur die het laat afweten voor de film, eerder haakte Bryan Singer al af. 20th Century Fox moet nu snel op zoek naar vervanging, het bedijf liet weten dat de releasedatum voor X-Men 3 vooralsnog ongewijzigd blijft: 26 mei 2006.