In het tweede deel wordt Woody gestolen door een speelgoedverzamelaar. Buzz en zijn vrienden gaan vervolgens op een reddingsmissie om Woody te redden voordat hij samen met zijn bende Jessie, Prospector en Bullseye een museumstuk speelgoed wordt.
Geen back-up
Toch was de film er bijna niet geweest. Tijdens het maken van Toy Story 2 werden namelijk bijna alle bestanden van de computer verwijderd, namelijk zo'n 90%. Dat is vier jaar aan werk, in een keer weg. En het bleek dat de back-up het al een tijdje niet deed.
Maar niet alle hoop was verloren. De redding van de film kwam in de vorm van Galyn Susman, de supervisor van de technische regie van de film. Zij kreeg tijdens het maken van de film haar tweede kind en besloot thuis te werken. Hierdoor had zij wél een back-up van al het werk.
Haar computer werd zorgvuldig naar Pixar Studios gebracht. Daar konden gelukkig alle bestanden weer gekopieerd worden, waardoor de film niet verloren was.