LET OP! In dit artikel worden SPOILERS besproken. Als je de film nog niet hebt gezien, kun je het artikel het best lezen nadat je dit hebt gedaan.
Proximus verslagen
Proximus Caesar (Kevin Durand) is een Bonobo die de woorden van Caesar misbruikt om macht over apen toe te eigenen en is de antagonist van de film. Proximus is huiverig voor de terugkeer van de mensheid als intelligent ras en wil zijn positie als oppermacht verzekeren middels geavanceerde technologie die zit verstopt in een oude militaire kluis.
Protagonist Noa (Owen Teague) en Mae (Freya Allan) weten dit te voorkomen door de kluis te laten overstromen. In een laatste confrontatie tussen Noa en Proximus, wint Noa. Op een later moment ziet Noa in dat Proximus over een bepaald punt wel gelijk had: de mensheid.
Ondergronds
In de setting van Kingdom of the Planet of the Apes is de mensheid gereduceerd tot een primitief ras dat geen spraakvermogen heeft, totdat blijkt dat er ook weer intelligente mensen zijn. Eén hiervan is Mae. Langzamerhand wordt duidelijk dat er al meerdere groeperingen van slimme mensen zijn en Mae op zoek is naar iets in de kluis.
Ze weet dit te bemachtigen en brengt dit aan het eind van de film naar een ondergrondse basis die vol zit met werkende techniek en een hele commune van 'normale' mensen. Het object dat Mae naar deze basis bracht, bleek de sleutel te zijn om de satelliet-communicatie met andere mensen te herstellen.
Dominante soort
Voordat Mae en Noa hun wegen scheiden, hebben ze nog een laatste gesprek. Mae uit dat de mensheid het verdient om weer de dominante soort op aarde te worden. Noa beaamt het punt van Proxiumus dat mensen alles behalve te vertrouwen zijn, maar blijft hoopvol dat aap en mens zij aan zij kan leven in de toekomst.
Zo luidt het einde van de film een nieuw conflict tussen mens en aap in dat ongetwijfeld de focus zal zijn in de komende films.