Black Hole speelt zich af in de Pacific Northwest in de jaren '70 en richt zich op een groep middelbare scholieren die wordt geïnfecteerd worden een mysterieuze seksueel overdraagbare ziekte die 'The Bug' wordt genoemd. Het virus zorgt voor vreemde mutaties en dreigt te leiden tot een grote catastrofe.
De graphic novel werd oorspronkelijk uitgebracht als twaalf nummers over een periode van tien jaar en werd in 2005 gebundeld. Eerder waren namen als David Fincher, Neil Gaiman, Roger Avery en Alexandre Aja verbonden als regisseur aan het project. Zij zagen uiteindelijk allen af van de regie en het project.