In een interview met Entertainment Weekly heeft regisseur Matthew Vaughn wat meer informatie vrijgegeven over de verhaalstructuur van X-Men: First Class. Opmerkelijk is dat Vaughn de film omschrijft als "X-Men meets Bond met een vleugje Thirteen Days". De regisseur verklaart dit door aan te geven dat hij een jonge Magneto (Bill Milner / Michael Fassbender) heeft gekneed tot een soort jonge Sean Connery: "Hij is de ultieme spion. Denk Bond, maar dan met superkrachten."

Verder vertelt Vaughn dat in het begin van de film niemand iets van het bestaan van mutanten afweet. Ook de mutanten zelf kennen hun lotgenoten niet. Iedereen verschuilt zich. Tot Sebastian Shaw (Kevin Bacon) opstaat, een megalomane mutant die de wereld wil overnemen. Magneto en Xavier slaan daarop de handen in elkaar om een Derde Wereldoorlog te voorkomen.

Het is nu ook duidelijk dat X-Men: First Class geen flashbacks zal bevatten. De film start in 1942 en werkt toe naar 1962. Linken met de First Class comics zijn er nauwelijks, maar er zijn "veel verwijzingen naar het X-Men-universum en de eerdere X-Men-films".