Regisseur Darren Aronofsky stond op de shortlist voor de regie voor de superheldenfilm The Man of Steel, maar zag de klus aan zijn neus voorbij gaan toen bekend werd dat Zack Snyder de klus mag klaren. Vervolgens werd kreeg hij de film Tales from the Gangster Squad aangeboden. Dit aanbod sloeg hij snel af omdat hij kiest voor de regie van X-Men Origins: Wolverine 2. Een van de voorwaarden die hij heeft is dat hij samen kan werken met de hoofdrolspeler Hugh Jackman. Dit heeft maatschappij 20th Century Fox ondertussen kunnen garanderen, aldus First Showing. Aronofsky werkte eerder met Jackman samen voor de film The Fountain (2006).

Een groot gedeelte van de tweede Wolverine zal hoogstwaarschijnlijk op verzoek van Aronofsky worden opgenomen in New York, ondanks dat de film zich afspeelt moet gaan afspelen in Japan. Door deze keuze hoeven Aronofsky en Jackman hun familie niet tijdelijk mee te laten verhuizen. Klaarblijkelijk wordt er alles aan gedaan om Aronofsky te binden, met de hoop dat we een betere Wolverine kunnen verwachten dan de versie van regisseur Gavin Hood. Ook het script komt uit handen van een indrukwekkend persoon: Christopher McQuarrie (The Usual Suspects, Valkyrie).